O terminal de passageiros do Aeroporto de São José dos Campos conta atualmente com serviço de táxi, locadora de veículos e telefones públicos, e nele operam a TRIP e a Azul com destino para o Rio de Janeiro e Belo Horizonte.

O tráfego de passageiros é caracterizado predominantemente por viagens de negócios nos dias úteis, sendo importante a ligação de São José dos Campos com o Rio de Janeiro.

O aeroporto também é utilizado por pessoas que pretendem acessar a estância turística de Campos de Jordão (que não possui aeroporto), e cidades do litoral (Ilhabela, Caraguatatuba, Ubatuba e Parati). 
 Dispõe de um terminal de passageiros com capacidade para atender à 90.000 passageiros/ano e de um terminal de cargas internacionais, alfandegado desde março de 2000.

O aeroporto apresenta duas vocações distintas: a cargueira, visando atender ao grande número de indústrias da região denominada Cone Leste Paulista, e a de portal turístico desse mesmo Cone Leste, mais especificamente das cidades da Serra da Mantiqueira, de Aparecida e do belíssimo litoral paulista, a "Riviera Brasileira". 

O tratamento das cargas, bem como a tarifação de armazenagem e de capatazia, é similar ao existente nos demais terminais de carga da empresa, com descontos, buscando sempre reduzir custos e agilizar o processo de liberação, fator importante para as indústrias locais.

Encontra-se em tramitação o processo de zoneamento civil/militar, delimitando o terreno para a implantação da nova área terminal, para os lados da Rodovia dos Tamoios. Em seguida será elaborado o Plano Diretor do Aeroporto, os projetos executivos e as obras de implantação da nova plataforma aeroportuária.